Le acque reflue raccolte dal collettore, prima della loro immissione nel corpo idrico recettore sono trattate per abbattere la presenza di microrganismi.

Da giugno del 2007 è attivo a Cologna Veneta (VR), nell’ultimo tronco del collettore, poco prima della bocca di scarico nel fiume Fratta, un impianto di disinfezione centralizzato a raggi ultravioletti (UV).
La radiazione ultravioletta germicida è un metodo di sterilizzazione che interviene sul DNA dei microorganismi patogeni, impedendo loro di riprodursi o di essere dannosi.

Composto da due linee di trattamento affiancate, per un totale di 936 lampade UV, l’impianto permette di ottenere la disinfezione del refluo senza l’uso di sostanze chimiche. Per capacità di trattamento (oltre i 90.000 mc/giorno attuali) e dimensioni è fra i più importanti in Italia.

Accanto alla disinfezione primaria con raggi UV c’è un impianto secondario di disinfezione ad acido peracetico.

L’acido peracetico ha un ampio spettro d’azione sui batteri. Durante l’impiego si decompone dando luogo alla formazione di acido acetico e ossigeno, che ha la maggiore capacità disinfettante. Poiché la disinfezione comporta l’aggiunta di sostanze chimiche e quindi un aumento di taluni parametri ossigeno (es. COD), questo impianto interviene a supporto del sistema primario a raggi UV quando necessario.